Diante de uma emboscada, Cassandra (Amanda Shull - Suits) feriu-se gravemente e devido a situação James (Aaron Stanford - Nikita) a envia para 2043 para sua equipe tentar salva-la. Ele fica para trás em 2016 com Ramse (Kirk Acevedo) e como a amizade dos dois está abalada, eles perderam a confiança e assim precisam arrumar um jeito de sobreviver, já que Jennifer (Emily Hampshire) virou aliada do exército dos 12 macacos. A Máquina do tempo é destruída depois que o exército conseguiu enviar seis membros ao passado, afim de antecipar o ataque e lançar a praga antes. Alguns meses se passam e finalmente Dra Jones consegue consertar a máquina do tempo, James e Ramse conseguem voltar agora para 2044.
Nada está como antes, tudo está diferente. Deacon (Todd Stashwick - Gotham) agora é um aliado. Novos membros foram adicionados na equipe e os recursos que já eram poucos ficaram ainda mais difíceis e escaços. Cassandra agora aprendeu como as coisas funcionam naquela época e tornou-se uma mulher mais realista, focada e determinada a salvar o mundo.
Para espanto de James que sente-se culpado por ela perder a inocência e bondade no coração. A relação deles está difícil, ela não confia em mais ninguém, em apenas Deacon que foi seu mentor durante todos esses meses. James resgata Jennifer e com ajuda dela eles encontram uma pista do roteiro dos seis membros enviados ao passado. James e Cassandra são enviados ao passado afim de impedi-los.
O Exército dos 12 Macacos revelou-se parte de algo muito maior, James e Cassandra não imaginavam a dificuldade que teriam para impedi-los. Passaram anos presos em uma outra época, sem conseguir nada, sem algo concreto. Até mesmo durante a segunda guerra mundial. Surgiram pistas e eles pularam de época dos anos 40 para 60 e até mesmo 70, somando aliados por onde passam. Numa dessas buscar James e Cassandra ficam gravemente feridos, Ramse também é enviado ao passado para ajudá-los.
Vale ressaltar a excelente ambientação que a equipe de produção proporcionou ao expectador. o figurino e a fotografia estão maravilhosos. O elenco está ainda mais em harmonia e mostram química e diversidade ao sair da zona de conforto, explorando-os em situações que pedem esforço físico e psicológico.
Desde a temporada anterior podemos perceber o quanto James se conectou a Cassandra. Ficou evidente nessa temporada seus sentimentos por ela, principalmente com os dois trabalhando juntos em épocas diferentes onde é necessário fingir ser outra pessoa.
Cassandra está focada na sua missão e não demonstra que o sentimento é reciproco. Ela está disposta a qualquer coisa para impedir a praga. Os dois passam a brigar e a discordar, James passa a perder a esperança e a relação dos dois está por um fio.
Foi uma temporada intensa, cheia de mistérios e desavenças. O final foi de explodir a mente, algumas perguntas foram respondidas e expectativas foram criadas e um grande inimigo está para surgir. A 3ª temporada estreia hoje (19/05) nos EUA e ainda sem data no Brasil. Uma 4ª (e última) temporada já está confirmada para 2018.
